Sin duda una de las categorias más atractivas cada año suele ser la junior masculina, en esta ocasión 10 eran los equipos que comenzaban la temporada el pasado 01 de octubre de 2.016, una liga regular a doble vuelta. En total 18 jornadas de fase regular, que nos dejó como primer clasificado al Bball Penibética del Sur con un balance de 17 triunfos y una sola derrota. De cerca le siguió el Colegio Virgen del Carmen (16-2), Yosíquesé Almedina Cordobasket (14-4) y Maristas Córdoba 75 (13-5), en la zona media de la tabla quedaban Peñarroya, Colegio Virgen del Carmen B y el CDB Cabra, mientras que por la zona baja finalizaban la temporada, CFP Pozoblanco, Hierros La Unión La Rambla y Grupo Comunica Puente Genil.

Una vez finalizada la liga regular, los ocho mejores clasificados jugaban un play offs de cuartos de final al mejor de tres partidos, para conocer a los equipos que pasarían a la final four. No hubo sorpresas y los cuatro primeros clasificados de la fase regular se impusieron sin necesidad de la disputa de un tercer partido.

La final four se celebraba en el Pabellón Menéndez Pidal. En las semifinales igualdad y emoción al máximo en los dos partidos. Bball Penibética del Sur derrotaba por (71-67) a Maristas Córdoba 75, y el Colegio Virgen del Carmen A derrotaba en un dramático partido al Yosíquesé Almedina Cordobasket por solo un punto (75-74). En la final Bball no dió opción al Carmen y le derrotaba por (63-50).

En esta categoría se disputó también la Copa Federación, entre tres equipos, Carmen B, Cabra y Puente Genil participaron en ella por sistema de liga a doble vuelta, resultando vencedor por basketaverage el Carmen B.